故事主要讲述了就读于圣克罗尼亚学园高中部的溷血儿羽濑川小鹰，在某一天看到了美少女三日月夜空一个人愉悦地说着话，之后两人便开始聊起关于如何交朋友的话题。而没想到夜空建立了一个以交朋友为目的问题社团─

　　精灵宝可梦，简称宝可梦，　　这颗星球上非常非常不可思议的生物，　　在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。　　持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。　　持有神秘精灵球的来自关都的