南太平洋进行了一起核实验，“龙神丸二号”可能是此核实验的受害者。就在龙神丸二号出事不久，东京就发生了一系列诡异的事件，一个叫三崎的罪犯突然蒸发但却留下了他的衣服，一群鱼船的幸存者回忆说他们的同伴在

　　第二次世界大战末期，日本在华北战场已显颓势。在某山谷中，日军独立第九十小分队被困在此地，不得动弹。这支队伍成员来自各个连队，被人戏称为“独立愚连队”。困于绝地的军人们神情涣散，沮丧绝望。　　一天，

　　外表落魄邋遢的浪人武士三十郎（三船敏郎 饰）来到一个小镇，清兵卫（河津清三郎 饰）和新田丑寅（山茶花究 饰）两家恶霸在那里为争夺地盘，招兵买马经常争斗，弄得民不聊生。三十郎决定从中设计，引诱双方雇

　　三原火山爆发时弄醒了沉睡的哥斯拉，牠为了补充能源，先後袭击了一艘日本渔船及苏联的潜航舰。日本政府反对运用核武，皆因会连累无辜的市民蒙受死伤。于是出动超级火战机正面跟哥斯拉交锋。同时，林田博士亦发现

　　宝石が謎の生物によって奪われるという事件が多発した。それは、炭素を主食とする宇宙生物・ドゴラの仕業であった。巨大なクラゲのようなドゴラには、地球上の如何なる兵器も通用しない。だが唯一、ドゴラに対抗